Родился в конце декабря 1892 (точная дата рождения неизвестна) в пос. Александровский пост на о. Сахалин. Незаконнорожденный сын каторжанки М. Ощепковой. После поражения России в русско-японской войне 1905 Южный Сахалин был отторгнут от России, и юный Ощепков невольно стал подданным Страны восходящего солнца. 

     Мать Ощепкова умерла, когда сыну исполнилось 11 лет. В судьбе мальчика принял участие архиепископ Японский отец Николай, человек широких взглядов, который сумел создать в Японии православную духовную миссию. В одно из учебных заведений этой миссии, семинарию в г.Киото, попал четырнадцатилетний сирота Вася Ощепков. Среди дисциплин, изучавшихся в семинарии, была борьба дзюдо. Раз в год в семинарии проводился отбор лучших учеников для обучения в знаменитом институте Кодокан-дзюдо, возглавляемом основателем дзюдо Дзигоро Кано. 29 октября 1911 Ощепков был принят в это учебное заведение, о чем в архивах Кодокана сохранилась соответствующая запись. Василий покинул семинарию в Киото и переселился в Токио, где находился институт Кодокан. 15 июня 1913 Ощепков получил первую мастерскую степень – седан (первый дан) – и подпоясал свое кимоно черным поясом. Вскоре он сдал экзамены на второй дан. Ощепков стал первым русским и четвертым иностранцем, заслужившим степень мастера по дзюдо Кодокан.
      Возвратившись в Россию в 1914, Ощепков работал военным переводчиком в штабе Приамурского военного округа во Владивостоке. Тогда же под эгидой Владивостокского общества «Спорт» Ощепков организовал первый в России любительский кружок по изучению дзюдо. Кружок просуществовал до 1920.
      В 1918, в начале японской оккупации Дальнего Востока (1918–1925), Ощепков был призван в колчаковскую армию и откомандирован в японское Управление военно-полевых сообщений. Примерно в то же время началось его сотрудничество с большевистским подпольем. Работая на разведуправление Красной армии, с 1921 рекламировал и продавал советские фильмы в Манчжурии, где не упускал возможности познакомиться с китайскими системами самообороны.
      По окончании японской оккупации Дальнего Востока Ощепков направился на о.Сахалин, а затем в Токио, где под прикрытием кинобизнеса вел разведывательную деятельность. Поставлявшаяся им информация в основном оценивалась в СССР как «ценная» и «очень ценная». Однако в служебной характеристике разведуправления его взгляды оценены как «сменовеховские», и в 1926 Ощепков был отозван в Советский Союз.
       В 1928 приказом Реввоенсовета СССР Ощепков был назначен военным переводчиком в один из отделов штаба Сибирского военного округа и переехал в Новосибирск. Преподавал дзюдо в Новосибирской школе милиции и штабе Сибирского военного округа.       Вскоре Ощепкова перевели в Москву, в Управление по боевой подготовке РККА. В конце 1929 при Управлении для начальствующего состава московского гарнизона были организованы курсы инструкторов по обучению военнослужащих рукопашному бою. Руководителем курсов и автором программы обучения был назначен Ощепков. В самом начале 1930-х годов для гражданского населения был учрежден физкультурный комплекс, получивший название «Готов к труду и обороне». В качестве одной из норм ГТО второй ступени предусматривались приемы самозащиты для мужчин и женщин. Разрабатывать эту норму ГТО было поручено Ощепкову.
       В 1929 Ощепков стал преподавателем Государственного центрального института физической культуры. Работа в Институте физкультуры дала Ощепкову уникальную возможность познакомиться с системами борьбы народов СССР, представители которых обучались у него на кафедре. Он проанализировал международные спортивные единоборства, китайское ушу и целый ряд национальных видов борьбы с точки зрения их применимости в боевой схватке. На основе дзюдо Ощепков начал создавать более совершенную прикладную борьбу, которая впоследствии получила название самбо.
        Среди его воспитанников были В.Г.Кузовлев, В.В.Сидоров, Н.М.Галковский, И.В.Васильев, Р.А.Школьников, А.А.Харлампиев и многие другие мастера. В 1932 в Институте физкультуры Ощепков организовал первые открытые соревнования по дзюдо. В 1935 состоялись первенство Института физкультуры и первый чемпионат Москвы. Тогда же были организованы Московская и Всесоюзная секция «вольной борьбы дзюдо», председателем которой стал Ощепков.
        В 1937 дзюдо как система, вышедшая из капиталистической Японии, была исключена из учебных планов институтов и техникумов физкультуры. 29 сентября 1937 Лубянка выпустила постановление: «Ощепков Василий Сергеевич достаточно изобличается в том, что, проживая в СССР, занимается шпионажем в пользу Японии... Гражданина Ощепкова привлечь в качестве обвиняемого по ст. 58 п. 6. Мерой пресечения способов уклонения от следствия и суда избрать содержание под стражей». В ночь с первого на второе октября 1937 Ощепков был арестован по обвинению в шпионаже в пользу Японии и десять дней спустя скончался в камере Бутырской тюрьмы.